Por meio do Twitter, recebi a dica para usar a ferramenta pkgutil . O argumento esquecer remove uma entrada do banco de dados do instalador, mas sem remover os arquivos reais:
sudo pkgutil --forget com.appname
Para ver uma lista de IDs de pacote, use:
pkgutil --pkgs
ou use o regexp para mostrar apenas algumas entradas:
pkgutil --pkgs=com.k*