Poderia ser o próprio Ubuntu. Você tem dual boot? Em caso afirmativo, o outro SO está apresentando o mesmo comportamento? Se sim, é um problema de hardware
Há quanto tempo isso está acontecendo? É desde que o seu monitor duplo foi colocado? Em caso afirmativo, tente desconectá-lo e reiniciá-lo.
Se puder, tente desinstalar o ATI Catalyst Control Center.
E se tudo mais falhar, você pode tentar reinstalar o Ubuntu.