Sim. A maneira como fseventsd funciona pode significar que não é possível dizer que os arquivos são os mesmos.
Você sempre pode excluir a versão mais antiga dessa pasta se quiser liberar espaço, mas pode ou não achatar os arquivos no final do backup. Você tem que deixar terminar para saber com certeza. O melhor que você pode fazer é conectar um cabo ethernet e excluir algumas pastas grandes para permitir que ele faça o novo backup em partes, se você não puder deixá-lo sentar para mover todos os dados novamente.