tente com o comando Eu tentei na imagem, espero que isso ajude você.
Para remover você só pode adicionar uma linha extra que
rm -rf $i
O comando total pode ser como
for i in ~/sandbox/*; do zip -r "$i".zip "$i"; rm -rf "$i"; done
O comando que exclui Pastas depois de verificar a criação bem-sucedida do Zip.
for i in ~/sandbox/*; do zip -r "$i".zip "$i" && rm -rf "$i"; done
Obrigado @evilsoup por perceber. espero que ajude.