Você diz que as linhas podem estar em qualquer posição, mas se a posição não for importante para você (apenas queira saber as diferenças), use comm
:
Compare sorted files FILE1 and FILE2 line by line.
With no options, produce three-column output. Column one contains
lines unique to FILE1, column two contains lines unique to FILE2, and
column three contains lines common to both files.
Requer que os arquivos sejam classificados, por sorte sort
pode ajudar com isso. Você pode sort A > A.sorted
para classificá-lo, fazer algo semelhante com B e, em seguida:
comm -1 -3 A.sorted B.sorted
isto imprimirá "linhas exclusivas para FILE2", que neste caso é B. sortida.
Você também pode fazer o tipo inline, o comando é um pouco mais difícil de digitar, mas você salvaria algumas etapas:
comm -1 -3 <(sort A) <(sort B)