Eu não acho que haja uma maneira genérica de fazer isso para todos os programas, mas você pode fazer isso especificamente para o SmartGit de duas maneiras:
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Entre em contato com os desenvolvedores e solicite esse recurso. Parece que eles atualizam isso com bastante frequência, então você provavelmente poderia obter o recurso em uma versão em um futuro não muito distante.
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Determine o que o SmartGit está realmente chamando para determinar a aparência. Está usando valores de registro? Você pode ser capaz de executá-lo em algo como Sandboxie com esses valores de registro ajustados adequadamente.
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Por fim, e isso é de longe o mais complicado, é descompilar o SmartGit e alterar o código você mesmo.
Espero que isso ajude.