Eu não conheço uma ferramenta que possa fazer isso. A única solução que consigo pensar é escrever um script de shell que encontre as informações necessárias sobre o video1 e depois converta o video2 para esse formato usando o ffmpeg. Grosso modo, seria
ffmpeg -i video1 > props.txt
#lots of string parsing here. Sorry, but I don't have the time to work it all out now.
ffmpeg -i video2 [options you dug out earlier] video2.out
Obviamente, não é uma solução completa, mas uma ideia aproximada. Espero que isso ajude.