Use boxedapp ou boxedapppacker. esta é a melhor solução.
BoxedAppSDK_CreateVirtualRegKey A função cria uma chave de registro virtual. Seus argumentos são semelhantes aos argumentos da função winapi RegCreateKeyEx. [C ++] LONG __stdcall BoxedAppSDK_CreateVirtualRegKey ( HKEY hKey, LPCTSTR lpSubKey, DWORD Reserved, LPCTSTR lpClass, DWORD dwOptions, REGSAM samDesired, LPSECURITY_ATTRIBUTES lpSecurityAttributes, PHKEY phkResult, LPDWORD lpdwDisposition );
e muitos outros recursos. Ótimo SDK.