Você deve encontrar qualquer editor de PDF que permita cortar ou excluir conteúdo em branco.
Alguns dos editores terão capacidades de processamento em lote, embora a identificação de onde um subtítulo está posicionado possa ser um desafio.
Um editor que uso e recomendo é o editor Infix PDF da Iceni . Isso tem um recurso de pesquisa e substituição que pode reconhecer textos como títulos com base no tamanho e na cor da fonte.
Margem e outras informações de formatação que podem ter sido usadas pelo aplicativo de origem geralmente são perdidas quando um documento PDF é salvo, por isso, tenho dúvidas de que é possível ajustar o preenchimento.