Eu tenho o meu iPhone e o iTunes configurados para que eu possa fazer exatamente isso.
Configure sua sincronização para que todos os podcasts sejam sincronizados. Defina todos os seus podcasts para "manter todos os episódios não reproduzidos". Não exclua podcasts no iPod. Agora, sempre que você fizer uma sincronização, removerá os episódios reproduzidos do iPod, mas os manterá no computador. Quando você faz uma atualização de podcast no iTunes, ele faz o download de novos episódios e exclui os episódios reproduzidos do computador.
Algumas notas:
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Se você selecionar manualmente quais episódios fazer o download de um feed de podcast (em vez de dizer ao iTunes para "Obter todos os novos episódios"), quando eles forem ouvidos, eles não serão removidos automaticamente pelo iTunes, quando "manter todos os episódios não reproduzidos" estiver selecionado. Neste caso, você terá que excluí-los manualmente no iTunes.
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Pode ser necessário executar duas sincronizações consecutivas para remover os podcasts do iPod - uma vez para o iTunes estar ciente de que eles foram ouvidos e outra hora para o iTunes realmente removê-los o iPod. Eu faço isso como uma questão de atualizar todas as minhas playlists inteligentes de qualquer maneira.