Eu também uso o Utorrent há algum tempo. Eu nunca mexi com as configurações do roteador e obter algumas velocidades de download fantásticas. Uma coisa que vale a pena olhar é se o seu ISP controla o torrent. Meu ISP (BT) acelerou as torrentes entre as 18h e as 12h durante a semana e a maior parte do fim de semana. Se você recentemente começou a ver problemas, isso poderia ser algo para se ver. Um dos recursos interessantes do uTorrent 2.0 é o fato de que ele pode ser configurado para randomizar as portas que ele usa na inicialização, o que ajuda a aliviar a limitação de torrent do ISP.
Se você quiser fazer algo, abra as portas no firewall do roteador.