Eu não sei de nenhuma maneira de corrigir o problema especificamente, mas posso dizer que o SizeUp foi uma grande ajuda para eu.
Toda a atitude de janela flutuante e descontraída do OS X para posicionamento na janela ainda me incomoda após 4 anos de uso de mac. O SizeUp permite atribuir atalhos de teclado para maximizar as janelas e posicioná-las em locais fixos com tamanhos fixos, como o quarto superior esquerdo da tela.
Vale cada centavo.