Não tenho certeza quando esse caminho mudou, mas a partir do Ubuntu 13.04, a exibição de segundos pode ser definida no terminal com:
gsettings set org.gnome.desktop.interface clock-show-seconds true
Para desativar a exibição de segundos:
gsettings set org.gnome.desktop.interface clock-show-seconds false
e verificado com:
gsettings get org.gnome.desktop.interface clock-show-seconds