Existem algumas informações sobre o som nos applets Java no Java Glossary , mas ele é voltado principalmente para programadores Java.
Ele mostra que o som pode ser produzido de várias maneiras, o que pode explicar porque alguns sons funcionam e outros não.
O problema comum para a reprodução de som é a falta do codec correto para o formato de som.
Também é possível que os applets Java assinados pelo autor (nem todos são) tenham privilégios mais altos.
Tente procurar no console java mensagens de erro relacionadas ao som.
Veja a entrada do Java Glossary para Console