Acredito que Screen Watermark deve ser capaz de fazer o que você está procurando. Ele está disponível em formato binário apenas para Win64, mas o código-fonte está disponível e é baseado em Qt, portanto deve ser compilado e executado na maioria das plataformas. Aqui está uma visão geral de sua documentação (esparsa):
Screen Watermark is an application that overlays an image over the desktop and can act as a flexible watermark on videos or pictures taken directly off the screen. The main use is for adding in a watermark when your video or screen capture software does not support watermarks correctly or at all.
Configuration file is config.xml You can change the default starting position.
Key Bindings: W: one pixel up S: one pixel down A: one pixel left D: one pixel right
TGFH: ten pixels IKJL: twenty pixels
N: 10% more translucent M: 10% less translucent
X: Exit
Chame o nome de arquivo da sua imagem de marca d'água como argumento.