Você pode criar caixas de correio (também conhecidas como "pastas") em uma conta IMAP ou Exchange existente, selecionando no menu Mailbox > Nova caixa de correio ... e selecione a conta e a pasta pai que você deseja no menu suspenso.
Se você quiser subpastas da sua Caixa de entrada, terá que configurá-las fora do Mail. O Mail exibirá subpastas da Caixa de Entrada de uma determinada conta, mas não ajudará você a criar uma.
No meu escritório, tenho um computador que preciso usar para um aplicativo específico. Felizmente, isso me dá a oportunidade de configurar minhas regras e pastas do lado do servidor do jeito que eu quero. Se você não tiver um sistema operacional Windows para inicializar para fazer uma correção rápida na sua conta, poderá perguntar ao seu departamento de TI como você pode usar o portal do Outlook Web Access. Algumas empresas só têm um link "verificar e-mail" em sua página inicial.
O mesmo vale para a sua conta IMAP. Não tenho certeza do que você usa, então não posso lhe dar instruções detalhadas. O Google não parece gostar de subpastas em geral, então posso dizer que é uma causa perdida no Gmail.
Se por algum motivo você tiver uma subpasta de qualquer outra pasta que não esteja aparecendo, será necessário selecionar uma pasta da conta incorreta e selecionar no menu Caixa de correio > Reconstruir . Isso também pode corrigir um problema em que determinados e-mails podem não aparecer.