Algumas placas-mãe / BIOSes vêm com tabelas ACPI com defeito que podem fazer com que o ventilador seja ligado cedo ou tarde demais. Em sistemas operacionais mais antigos, isso às vezes não é um grande problema, mas os mais recentes honram mais de perto as configurações existentes e, como resultado, podem levar ao que você descreve. Você pode querer verificar se uma atualização do BIOS resolve o problema.
Existem também configurações de energia em seu sistema operacional que podem impedir que a CPU entre em um estado de energia mais baixo (por exemplo, se for forçado a sempre rodar na velocidade total do clock). Você pode querer verificar lá também.