Não há uma abordagem geral para isso, até onde eu sei.
O manual da placa-mãe pode indicar como os números de barramento usados no Gerenciador de dispositivos do Windows correspondem aos slots físicos da placa-mãe, mas isso é muito raro. (Eu só vi isso em algumas placas-mãe do servidor.)
É até possível que esses números de barramento sejam atribuídos dinamicamente e mudem dependendo da versão / configuração do BIOS, do número de placas instaladas e do sistema operacional utilizado. (Muito comum em equipamentos de consumo).
Se conseguir obter o número de série do GPU / cartão a partir das informações mostradas no Windows (gerenciador de dispositivos ou WMIC), você poderá identificar o cartão de GPU correto pela etiqueta de número de série correspondente no cartão, se houver é um.