Gads. Este é um novo em mim. Então vamos começar com o básico.
A única coisa que você sabe é que os arquivos temporários podem ser excluídos com segurança, a menos que estejam em uso. Portanto, uma nova reinicialização é a hora de limpá-los. Talvez o modo de segurança seja ainda melhor.
Se você está tendo problemas para fazer o Windows executar o trabalho, é possível inicializar um LiveCD do Linux e usar o comando rm -r nesse diretório, esvaziar sua lixeira e recriar o diretório.
Então sugiro que você execute o Malwarebytes para ver se ele encontra algum motivo para isso.