Descobriu o que estava acontecendo (pelo menos até certo ponto). Embora eu não tenha encontrado o controle para alterar essas configurações específicas, elas parecem estar vinculadas ao tema aplicado à apresentação. Especificamente, os temas "Crop", "Badge" e "Headline" fazem com que as formas e as flechas se comportem dessa maneira.
Apliquei um tema diferente e apliquei novamente minha paleta de cores e fontes. Tive que fazer ajustes para o mestre para obter a aparência exata que eu queria, mas corrigiu os problemas de forma.
Se alguém souber onde estão os controles para essas configurações ou se eles estão acessíveis no VBA, avise-nos!