Não, o uso de hubs USB 3.0 não acelera a taxa de transferência de gravação em unidades USB2.0, porque o subsistema USB 2.0 é completamente independente do USB 3.0. Está em paralelo com o USB 3.0.
A compatibilidade retroativa na versão 3.0 é diferente da compatibilidade USB2- > USB1.1, onde foi fornecida por meio de conversores de transações de hardware para os modos FS e LS para cada hub ou porta. Não existe o "Transaction Translator" entre SS (velocidade USB 3.0) e HS (USB 2.0).
No entanto, algo está errado com sua configuração e cálculos de desempenho. O USB 2.0 pode fornecer até 30-35MBytes / s de velocidade de gravação em uma boa unidade USB 2.0, mas normalmente pode ser de 3MBytes a 12-15MBytes / s. Mesmo que seus pen drives tenham um desempenho de gravação medíocre de 10MBytes / s, escrever 800MBytes (acho que MBytes, não Mbits) deve levar cerca de 80 segundos, a menos que seus dados consistam em milhares de arquivos muito pequenos. Portanto, 45 minutos para 5 canetas é uma discrepância das expectativas.