Se você quiser converter a hora atual em segunda , tente este script
#!/bin/bash
let var=$(date +%H)*3600+$(date +%M)*60+$(date +%S)
echo $var
Ele converterá a hora atual em segundos (um inteiro).
Se você deseja converter uma seqüência de tempo arbitrária como HH:MM:SS em segundo, então é melhor usar Resposta de Radu Rădeanu . Eu poderia dar algo do jeito que você estava tentando,
Estou assumindo que você armazenou hora, min e segunda em HH , MM e SS e use o seguinte para armazenar o tempo em segundo em var
let var=HH*3600+MM*60+SS