A WUBI é bastante segura: ela cria um arquivo no disco do Windows e novas entradas no menu de inicialização, mas não altera as partições. Você deve sempre ser capaz de inicializar de volta ao Windows, e um desligamento abrupto pode corromper o sistema de arquivos do Linux, mas nada além disso.
Nada na vida é totalmente sem risco. Você deve, como sempre, ter backups.
O principal tipo de risco que o Wubi mitiga é a necessidade de reparticionar, reinstalar ou instalar um novo setor de inicialização. Aqueles não são muito arriscados, mas podem ser difíceis de desfazer se você instruir o instalador a fazer a coisa errada (por exemplo, excluir o Windows) ou se você mudar de idéia.