Isso é por design do instalador. Esses comandos são executados pelo script de pós-instalação do instalador flashplugin:
# setting wget options
:> wgetrc
echo "noclobber = off" >> wgetrc
echo "dir_prefix = ." >> wgetrc
echo "dirstruct = off" >> wgetrc
echo "verbose = on" >> wgetrc
echo "progress = dot:default" >> wgetrc
# downloading the plugin
echo "Downloading..."
rm -f $FILENAME
echo "Getting ${ADOBE_URL}"
WGETRC=wgetrc wget ${ADOBE_URL} \
|| fp_exit_with_error "download failed"
rm -f wgetrc
echo "Download done."
A configuração relevante é progress = dot:default
, que não pode ser substituída. Talvez você possa registrar um bug de lista de desejos para isso no link