Você pode executar suas macros usando Tarefas Agendadas (criadas com o Agendador de Tarefas incluído no Windows), com as tarefas configuradas para encerrar se a tarefa for executada por mais de uma duração predefinida.
Isso também permite que você execute as macros independentemente uma da outra, pois cada uma pode ser enfileirada como uma tarefa separada.