Você pode usar o utilitário de linha de comando NirCmd (freeware) (O espelho da página web daarchive.org ; mirror do archive.org para o binário ) e execute:
nircmd.exe win close class "CabinetWClass"
Eu o uso no Windows 7 SP1 x64 Ultimate e funciona como pretendido: ele fechará todas as janelas do Windows Explorer, mas não eliminará o processo explorer.exe
.
O programa deve funcionar no Windows 9x / ME, no Windows NT, no Windows 2000, no Windows XP, no Windows Server 2003, no Windows Vista, no Windows Server 2008, no Windows 7, no Windows 8 e no Windows 10.