O uso do OneDrive a partir da interface da Web sempre fornecerá esse aviso quando você escolher editar o arquivo com um aplicativo local, pois ele precisará fazer o download de um arquivo temporário no dispositivo para editá-lo.
Não consegui encontrar uma maneira de desativar o aviso na interface da Web. Para contornar, instalei o Aplicativo OneDrive . Desta forma, os arquivos são acessíveis no Explorer e tratados como uma unidade de rede mapeada. O aplicativo mantém os arquivos sincronizados também.
Agora tenho acesso ao meu OneDrive sem ter que constantemente fazer login ou lidar com avisos.