Sim, isso é possível usando gdevilspie (GUI de devilspie ):
Abra o Terminal e digite o seguinte coommand:
sudo apt-get install gdevilspie
Agora abra gdevilspie com (Alt + F2, gdevilspie, Enter).
Clique no daemon de início e automaticamente no login.
Exemplo aqui é Skype (você deve configurá-lo para ser executado na inicialização):

devilspie

Agora reinicie o daemon e tente.