Isso foi o que fizemos há alguns anos, em uma situação semelhante.
Coloque algum software no armazenamento USB, que será um carregador de inicialização de primeiro estágio. Ele instrui o dispositivo embutido a carregar o sistema operacional de um servidor de arquivos de rede e de onde.
Toda vez que você construir um novo sistema operacional, faça a cópia copiá-lo para o arquivo no servidor de inicialização. Em seguida, pressione o botão de redefinição no dispositivo incorporado.
Veja bootp
.