Simplesmente porque ele está usando hardlinks . Se houver muitos arquivos com o mesmo conteúdo em vários diretórios, eles poderão ser armazenados em um único local e, em seguida, apontados por links diferentes nesses diretórios.
Nos tempos antigos, é muito comum os discos que contêm várias versões da instalação do Windows em um, porque essas fontes geralmente contêm muitos arquivos duplicados. A caixa de diálogo de propriedades dos arquivos do Windows está contando o tamanho de cada link, enquanto as propriedades do disco exibem apenas o espaço total usado no disco, e é por isso que a diferença