Este é um bug que foi arquivado no link .
Aqui está uma solução: faça um symlink em Packages/Python/Miscellaneous.tmPreferences
que aponte para User/Python Miscellaneous.tmPreferences
. Em seguida, você pode editar o arquivo, salvar a alteração e reiniciar o sublime para que ele tenha efeito.
EDIT: O bug foi corrigido a partir do build 3109.