Eu costumava ver isso no trabalho, com certas imagens de disco sendo colocadas em produção (basicamente, dd uma imagem em um disco). Eu tive isso explicado para mim, e se bem me lembro, é um aviso, não um errante. É um remanescente da era do bronze, quando partições tinham que começar nos limites do setor, o que eles não fazem mais. Alguns sistemas operacionais podem não gostar, mas, a menos que você esteja com problemas graves durante a inicialização, não é necessário se preocupar.
Olhando para a saída do fdisk, não vejo nada alarmante, exceto a partir do próprio aviso.