Criptografar a unidade em si provavelmente seria bom - basta desbloquear a unidade / partição antes que o Time Machine possa acessá-la.
Honestamente, no entanto, você pediu ao Mac OS para usar um backup criptografado, e a criptografia leva um tempo extra .... então ... deixe-o fazer o que quiser e deixe-o com segurança. Se você tiver arquivos muito grandes e modificados com muita frequência para fazer um backup eficiente usando o Time Machine no disco criptografado, considere fazer arranjos especiais para esses arquivos (e excluí-los da TM) para que não ocorram sua TM. processo de backup.