Não sei se você vai achar isso uma solução aceitável, mas ao tentar isso no Windows 7 com o Internet Explorer 9, clicando no ícone do IE na barra de tarefas (ou se várias janelas estiverem abertas, o item de menu para a janela correta no menu pop-up) parece trazer tanto a janela principal do IE quanto a caixa de diálogo para o topo.
Eu não consigo reproduzir o bug na minha máquina com Windows XP executando o IE 8.