Solução : Um amigo me contou sobre uma maneira de conseguir isso. Uma série de tubos.
markdown file.md - > .md para .html
iconv -f utf-8 -t iso-8859-1 - > utf-8 para iso-8859-1
html2ps - > html para postscript
lp - > imprimir
Finalmente
markdown file.md | iconv -f utf-8 -t iso-8859-1 | html2ps | lp
O truque
O ruim : Isso não realiza a parte de hifenização (pelo menos eu não penso assim). Meu amigo me disse que, para conseguir isso, é melhor usar o pandoc para converter um arquivo do markdown para o LaTeX e depois imprimi-lo.