Converta o arquivo para o formato epub, que permite dividir o documento para separar arquivos:
pandoc -f markdown -t epub -o myfilename.epub markdown.md
Em seguida, descompacte o arquivo epub. Os arquivos .xhtml resultantes estarão sob a pasta \ text.
Opções interessantes:
--epub-chapter-level=3 // Header level where file is split
--epub-subdirectory=. // name of the folder with content inside the epub archive
--toc-depth=4 // generate table of contents with this number of header levels
--css=.\pandoc.css // apply CSS styles
Verifique se este arquivo .css é uma boa formatação padrão.