O Simple Scan armazena suas configurações no banco de dados dconf em vez do seu perfil. Suas chaves podem ser listadas pelo comando:
gsettings list-keys $(gsettings list-schemas | grep -i 'simple' | grep -i 'scan')
Como você pode ver, não há menção sobre o formato de arquivo preferido.
Na página de seus desenvolvedores, também encontrei a confirmação de que não há como salvar seu formato de arquivo preferido permanentemente: link
Esta informação é muito nova. Talvez um dia eles adicionem essa funcionalidade, mas agora o tipo de arquivo padrão é PDF. As versões mais antigas do aplicativo eram mais adaptáveis - usavam PDF como tipo de arquivo padrão para 'Texto' e JPG como tipo de arquivo padrão para 'Imagem'. Esse comportamento é codificado. Modificar a fonte e recompilar parece a única maneira de superar isso.