O seguinte comando
(xterm -e "/path/to/my/script; bash" &); (xterm -e "/path/to/my/other/script; bash") &
abre dois xterms que executam os dois scripts (desde que tenham sido executados, é claro) e aguardam por mais instruções. Você pode criar facilmente um alias para ele ou colocá-lo em um script aceitando os dois caminhos dos dois scripts como argumentos.
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Se você tem um arquivo de comandos, um por linha, chamado mycommands.txt , você pode executar cada um deles por meio do seguinte one-liner:
for i in 'seq 1 $(cat mycommands.txt | wc -l)'; do (xterm -e "awk 'NR == $i' mycommands.txt; bash" &) ; done
Mais uma vez, isso pode ser facilmente aliado ou com script.