De man scrot
:
-u, --focused
Use the currently focused window.
Então, você poderia simplesmente alterar seu script da seguinte forma:
#!/bin/sh
while true
do
scrot -u "$(date)".jpg
sleep 5
done
No entanto, isso vai começar a tirar screenshots assim que o script for iniciado, o que provavelmente é indesejado; isso seria um pouco mais fácil de usar, já que ele só começa a tirar capturas de tela depois que o usuário tiver selecionado manualmente uma janela:
#!/bin/sh
scrot -s "$(date)".jpg
while true
do
sleep 5
scrot -u "$(date)".jpg
done