Parece que ainda há um problema de permissões ou acesso a arquivos, pois quando não estão sendo executados com uma interface de usuário, algumas partes do ambiente não estão disponíveis. É provável que um arquivo ou caminho não esteja disponível, pois não sabemos para onde vai ...
A melhor coisa a fazer é registrar a saída de ftp
para ver se há erros. Seria útil ter de qualquer maneira para rever se há algum problema futuro como este:
ftp -i -s:C:\<path-to-file>\ftp.dat >c:\ftp.log
Você poderia colocar o arquivo de log no arquivo, mas ele não fornecerá um log se você não puder acessar a pasta por algum motivo, então, até que você decida que é melhor mantê-lo na raiz. Depois de eliminar esse problema, você pode movê-lo para um local mais apropriado.