O $ Logfile é um arquivo especial do sistema NTFS. É um log circular de todas as operações de disco e é usado para reverter com segurança operações de disco malsucedidas. O arquivo tem um tamanho fixo e é alocado quando o disco é formatado. Não pode ser excluído, movido ou desfragmentado.
O utilitário de linha de comando "chkdsk" do Windows pode mostrar e alterar o tamanho do $ Logfile. Tornar o $ Logfile maior não irá movê-lo, mas irá acrescentar um novo fragmento. Tornar o $ Logfile menor removerá os fragmentos do final.
CHKDSK c: /L:XXX
where XXX is the size in KB. /L without a size will show info.
Você pode tentar definir um tamanho menor temporariamente, desfragmentar e redimensioná-lo novamente.