Ele não piorará a situação (você precisará de outro chkdsk para consertar o sistema de arquivos; você pode fazer isso no seu computador também), ou você terá um sistema de arquivos parcialmente consertado (o que pode ser pior, mas geralmente não é), mas tudo isso afeta apenas os dados do cartão.
Você sempre será capaz de criar um novo sistema de arquivos (“reformatar”) o cartão, mesmo se você cancelar o CHKDSK, a menos que o próprio meio esteja quebrado (o que não deve acontecer de uma simples falta de energia; um bloco é escrito com muita frequência).