Qualquer software de backup decente pode manipular destinos que vêm e vão. Geralmente, é preciso saber se esse software pode diferenciar um dispositivo removível de um fixo e não cuspir um fluxo de erros quando uma unidade removível desaparece.
Em segundo lugar, você provavelmente quer verificar se o programa de backup oferece suporte ao rastreamento de dispositivos removíveis. É isso que deve reconhecer o dispositivo, mesmo que ele apareça sob uma letra de unidade diferente e ele deve entender quando algum outro dispositivo recebe a letra de unidade do dispositivo original. Caso contrário, você terá uma boa bagunça com os backups indo para o que estiver atualmente conectado ao X: \
Um programa que usei e suporta isso realmente é Bvckup (* edit - que seria o Bvckup 2 ). Além disso, acho que Acronis tem suporte removível, mas eu estava testando quando não estava prestando atenção a esse recurso, então eu poderia estar off.