Como The Old New Thing escreve em "Qual é a diferença? entre Minimizar tudo e Mostrar área de trabalho? " , a função Mostrar área de trabalho ocultará todas as janelas, incluindo as não minimizáveis , aumentando a área de trabalho janela em cima de todos eles. Mas a área de trabalho sempre tenta retornar à parte inferior (para evitar janelas "perdedoras" que podem não estar listadas na barra de tarefas), o que significa que as janelas que não podem ser minimizadas se tornarão visíveis novamente.
Isso corresponde ao seu problema?