Não seria melhor se você mantivesse sua conexão aberta (para economizar recursos necessários para a autenticação SSH intensiva da CPU) e executasse o comando synchronize
em um loop? Reconectando, quando a conexão é perdida apenas.
Isso seria facilmente alcançado usando o script PowerShell com o uso do assembly WinSCP .NET .
O script WinSCP normal não permite loops e pausas.
Se todos os arquivos estiverem em uma única pasta (= uma listagem de diretórios por execução de sincronização) e aproximadamente um pequeno arquivo for alterado por vez (= uma transferência de arquivo), a carga será pequena.