Estou trabalhando no Linux (Ubuntu)
Eu tentei fazer isso com ffmpeg e mkvtoolnix (trilha mkvextract)
Problemas:
ffmpeg não funciona com legendas codificadas em S_VOBSUB
mkvtoolnix converte S_VOBSUB em .idx / .sub ( Veja o documento )
Estou preparando um script de shell de extração automática, para que as soluções de linha de comando sejam o que estou procurando. Obrigado. :)