Não sei exatamente o que estaria causando isso. Eu teria dado os mesmos passos que você para descobrir. Meu primeiro pensamento é verificar se há um BIOS atualizado. Talvez seja um bug que o fabricante tenha corrigido.
Em seguida, eu limparia o CMOS reconfigurando o BIOS de volta para o padrão de fábrica e configurando o disco rígido principal para inicializar novamente, talvez algum bit tenha sido invertido no BIOS e ele esteja com dificuldades para consertá-lo.
Uma solução improvável, mas você poderia tentar reinstalar o Grub2, talvez o BIOS esteja escolhendo a unidade certa, mas o grub2 está falhando antes de imprimir qualquer coisa.
Por fim, você poderia instalar o Grub2 em um disco rígido diferente, ele não precisa necessariamente ser instalado na unidade de inicialização. Tente instalá-lo na segunda unidade e configurar o BIOS para inicializar na segunda unidade.
Boa sorte.