A Microsoft simplesmente não implementou uma solução legal para esse problema (assim como a numeração de equações, que requer uma tabela invisível de 1 por 3!). A única solução razoável é a sua "segunda abordagem", ou seja, colocar o sinal de pontuação dentro da fórmula. Eu sempre faço isso.
[Além disso, o Microsoft Word e a semântica - você simplesmente não pode ser tão pedante no Microsoft Word. Pessoalmente, estou pensando seriamente em abandonar o Microsoft Word em favor do HTML5 + CSS3, que é superior em muitos aspectos. Infelizmente, não há maneira conveniente e padronizada de inserir matemática em HTML.]