Isso deve funcionar, funcionou para mim quando tentei:
sed 's|\"\\\"|\"\"|g' atm-file.csv >atm-file.txt
Se isso não funcionar, talvez seja necessário fornecer um link para o arquivo .csv
.
EDIT
Agora vejo que meu comando sed
é essencialmente a mesma coisa que está na sua pergunta. Por favor, forneça um link para uma cópia do arquivo .csv
.