Eu sugiro primeiro tentar o kernel mainline ao invés do Ubuntu para ver se a mainline ainda tem esse problema. O mesmo problema costumava acontecer em 10.04 sob o Xen com o kernel padrão.
Se o kernel principal não corrigir o problema, tente adicionar o parâmetro do kernel "acpi = off noapic" ou desative irqbalance (trabalhado para o mesmo problema ou similar; bug # 1035855)